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Unita' di Oncogenesi Molecolare
NAF - Nucleic Acid Facility
Servizio di sequenziamento automatico
| responsabile: |
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Dr. G. Russo |
| tecnico
operativo: |
Sig. M. Helmer
Citterich |
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Dal febbraio 1997, presso l'Unita' di
Oncogenesi Molecolare, e' operativo un servizio di sequenziamento
del DNA aperto anche ad utenti esterni all'Istituto.
A partire da tale data fino al febbraio 2003 sono state
prodotte piu' di 51.000 sequenze per ca.100 laboratori
in tutta Italia, su un sequenziatore automatico ABI
PRISM 377XL (Perkin Elmer). Nell'ultimo anno il numero
dei campioni processati si e' stabilizzato in circa
800-900 al mese.
ACCESSO AL SERVIZIO
| 1) |
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Preparare i reagenti secondo la
seguente tabella, in un tubo da 0,2 ml etichettato
e chiuso con Parafilm:
| Campione |
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dsDNA |
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vedere la tabella seguente |
| Primer * |
per dsDNA |
3,2 pmoli |
| dH2O |
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q.b. |
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12 µl |
*
e' possibile aggiungere, senza aumento di prezzo,
i seguenti primer: T7, T3, SP6, M13 for., M13
rev.
Il NAF aggiungera' tutti gli altri
reagenti per eseguire la reazione di marcatura
in un Thermal Cycler Perkin Elmer modello 9600.
Il NAF consiglia l'utilizzo di colonne Qiagen
per la preparazione dei campioni di DNA.
Quantita' di DNA:
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Plasmidi (3-10 kb)
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0,5 µg
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Amplificato (100-200 bp)
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10-20 ng
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Plasmidi (10-20 kb)
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1,0 µg
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Amplificato (200-500 bp)
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20-50 ng
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Cosmidi (30-45 kb)
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1-1,5 µg
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Amplificato (500-1000 bp)
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50-100 ng
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BAC
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2 µg
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Amplificato (1000-2000 bp)
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100-200 ng
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Amplificato (>2000 bp)
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200-250 ng
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| 2) |
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compilare il modulo d'ordine
- modulo formato WORD
per Windows
- modulo formato PDF
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| 3) |
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Spedire via posta, in busta a temperatura
ambiente, insieme al relativo modulo compilato,
al
NAF - IDI IRCCS - Via dei Monti di Creta, 104
- 00167 Roma. |
- Generalmente le sequenze vengono
rispedite entro un paio di giorni lavorativi;
- Per ogni campione verranno inviati
2 file via e-mail: un file formato testo (.txt) ed
un file contenente un elettroferogramma. Quest'ultimo
puo' essere aperto tramite i programmi Chromas
(per il PC) o Editview
(per il Macintosh) che si possono scaricare gratuitamente
agli indirizzi http://www.technelysium.com.au/chromas.html
e http://www.appliedbiosystems.com/support/software/dnaseq/installs.cfm;
- Il prezzo e' di Euro 15,00 per ogni
campione;
- I dati saranno trattati in maniera
strettamente confidenziale e saranno spediti solamente
ai legittimi proprietari.
CONTATTI
Per qualunque informazione contattare
il Sig. Mauro Helmer Citterich
| indirizzo: |
|
NAF - IDI IRCCS - Via dei Monti
di Creta, 104 - 00167 Roma |
| tel.: |
06.66.46.47.03 |
| fax: |
06.66.46.47.05 |
| e-mail: |
naf@idi.it |
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Modulo d'ordine
per servizio di sequenze:
Programmi freeware
per la lettura degli elettroferogrammi:
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